El Instituto de Altos Estudios de América Latina está integrado por cinco centros de investigación:
Centro Latinoamericano de Estudios de Geopolítica y Seguridad (CLEGS)
Centro de Estudios de Género (CEG)
Centro de Investigaciones Criticas y Socioculturales (CICS)
Centro de Estudios Estratégicos (CEE)
Centro de Estudios e Investigaciones para la Integración Regional (CENIR)
